Ще за часів Київської Русі вірмени отримали можливість оселятися на її території.
Заможні вірменські купці переселялися на Захід, йдучи молдавським торгівельним шляхом, що пролягав з Криму до Кам’янця-Подільського. У 14 столітті буковинські землі зустріли перших вірмен, але у Чернівцях вони почали оселятися тільки у 19 столітті.
На початку 19 століття у місті близько 30 родин належало до вірменської громади. Незважаючи на значну чисельність вірян власного храму у вірмен не було. Служби правилися у костелі. Зі збільшенням парафії вірмен до 600 прихожан виникла гостра необхідність будівництва вірмено-католицького храму. Комітет, який був створений у 1865 році для фінансування будівництва, вживав активних заходів для мобілізації необхідної суми. Так комітет звертався за допомогою до вірменської світової громади, організовував лотерею та інші благодійні акції. Свої внески робили поміщики та чиновники, серед яких найзначніші суми внесли граф Сангушко, цісар Франц Йосиф та дружина цісаря. Земельна ділянка, хоч і на схилі та досить незначних розмірів, була подарована міською владою.
9 жовтня 1875 року після закінчення шестирічного будівництва, яке розпочалося у 1869 році, вірменський храм було освячено як Вірмено-католицьку церкву Святих Петра і Павла. Духовна святиня була зведена за проектом уже досить відомого на той час архітектора, Йосифа Главки, хоча і з деякими корективами. Зібрана сума коштів не могла покрити всіх витрат початкового плану, тому зміни торкнулися середньої вежі, яку дещо знизили, відкритих галерей навколо бічних веж, які так і не були зведені, та покрівлі, яка могла б бути прикрашеною орнаментами так само як дах центрального корпусу Чернівецького національного університету.
Неповторне поєднання готики, романського стилю та особливостей вірменської архітектури задаровує і сьогодні.
Поступове зменшення вірменської громади призвело до того, що поряд з вірменами у храмі службу правили і римо-католики.
У 1906 році після інвентаризаційного опису та оцінки технічного стану церкви було винесено рішення про необхідність проведення ремонту. Протягом року було здійснено косметичний ремонт та заміну органу.
До 1944 року храм Святого Петра і Павла зачаровував чернівчан унікальною архітектурою та неповторною органною музикою. Та вже після захоплення радянською владою буковинських земель святиню було перетворено на склад. Представники вірменської общини зазнали переслідувань, арештів та були змушені масово емігрувати за кордон. Величні двері церкви довгі роки приховували від гостей та жителів міста красу цієї історичної пам’ятки та її таємниці.
Так, довгий час побутувала легенда, що пояснювала закритість та занедбаність храму. Розповідають, що активну участь у будівництві споруди брали вірменські священики. Один з них божевільно закохався у чернівецьку красуню, але його сан виключав можливість закоханим бути разом. Тому, не витримавши душевних мук та сердечних хвилювань, священик напередодні освячення храму вчинив самогубство. Після цього трагічного випадку у вірменській церкві жодного разу не було служби і влада була змушена її закрити. Порівнюючи цю легенду з історичними відомостями, стає зрозуміло, що це не більше ніж чутки, які розповсюджувалися більшовиками.
Зрозуміло, що «господарювання» радянської влади в Чернівцях, яке залишило після себе лише фундаменти унікальних споруд та скульптур та спотворені архітектурні елементи, не могло не торкнутись Вірмено-католицького храму. Безслідно зникли скульптури Святих Петра і Павла, які зустрічали гостей святині. Відсутність фінансування для підтримки церкви у належному стані та охорони архітектурної пам’ятки призвели до погіршення її зовнішнього вигляду та внутрішнього оздоблення.
Розпочата у 80-х роках реставрація Петропавлівської церкви, була закінчена лише у 1992 році. Серцем храму став новий орган, який було спеціально замовлено у фірмі «Riger-Rloss», що знаходиться у Празі. Саме тут, починаючи з 1992 року, знаходиться Зал органної та камерної музики обласної філармонії. Територію біля споруди прикрашає скульптура, що має назву «Ангел милосердя» і була створена Володимиром Гамалем для «вірменської петропавлівської красуні».
Нещодавно скульптури Святого Петра і Павла, які, здавалося, втрачені назавжди, були нещодавно знайдені на Єврейському кладовищі. Сьогодні вони, як і близько 60-ти років тому, вітають відвідувачів святині.
Радимо кожному відвідати Органний зал та відчути поєднання величі і ніжності органної музики. Краса внутрішнього оздоблення храму, яка доповнює та підкреслює велич та силу органної музики, здивує найвибагливішого естета.